Szegeden az önálló középfokú zenei képzés története 1952-ben kezdődött el. Ebben az évben az addig alsó és középfokú képzést felölelő Szegedi Konzervatóriumot zeneművészeti szakiskolává alakították át, ezért leválasztották róla az alapfokú képzést. 1953-tól az intézmény hivatalos neve Szegedi Állami Zeneművészeti Szakiskola lett, diákjainak közismereti oktatását a Tömörkény István Gimnázium látta el.
1966-ban az ország öt zeneművészeti szakiskolájában szétvált a szakiskolai oktatás és az időközben ráépült zenetanárképzés, így megalakult a Liszt Ferenc Zeneművészeti Főiskola Ének- és Zeneiskolai Tanárképző Intézet Szegedi Tagozata is. A teljes – szakmai és közismereti – középfokú képzés ezzel átkerült a Tömörkény István Gimnázium és Művészeti Szakközépiskolába.
1990-ben a tanárképző tagozata konzervatóriummá alakult Liszt Ferenc Zeneművészeti Főiskola Szegedi Konzervatóriuma néven, amely a középfokú szakmai képzést újból magába olvasztotta. A közismereti oktatást továbbra is a Tömörkény István Gimnázium és Zeneművészeti Szakközépiskola vállalta.
Miután 2003-ben, több éves előkészítő időszak az intézmény után teljes jogú karává vált a Szegedi Tudományegyetemnek – SZTE Zeneművészeti Főiskolai Kar néven –, tarthatatlanná vált a középfokú és felsőfokú oktatás összefonódása. Ezért az egyetem és a főiskolai kar vezetése – a nagy múltú szegedi középfokú oktatás megmaradása érdekében – egy új iskola megalapítása mellett döntött.
Az újonnan alapított, egyetemi fenntartású középiskola 2004. szeptember 1-jétől működik; első tanévében Szegedi Tudományegyetem Zeneművészeti Szakközépiskolája elnevezéssel.
2005. január 1-jétől gyakorló zeneművészeti szakközépiskola státuszt kapott az Oktatási Minisztériumtól. 2005. február 7-én a tantestület, a diákönkormányzat, és a szülői munkaközösség megszavazta, hogy a szakközépiskola felvegye a jeles zeneszerző, a jogelőd iskola volt tanára nevét. Az egyetemi tanács határozata hivatalossá tette a névváltoztatást. Így 2005. szeptember 1-jétől iskolánk neve: SZTE Vántus István Gyakorló Zeneművészeti Szakközépiskola.